マイナポータルで医療費を確定申告に連携する方法

結論から先に

マイナポータルとe-Taxを連携させることで、健康保険組合・協会けんぽから受け取った医療費通知情報をXML形式で自動取得し、確定申告書等作成コーナーに自動入力させることができます。領収書の手動入力が大幅に削減でき、入力ミスも防げます。 ただし自由診療・市販薬・通院交通費は自動取得されないため、別途手動で入力する必要があります。必要なものはマイナンバーカードとスマートフォン（またはICカードリーダー）のみです。

どんな場合に当てはまるか

この手順は以下のすべてに該当する方が対象です。

対象となる方の条件

• 日本国内の健康保険（協会けんぽ・健康保険組合・共済組合・国民健康保険など）に加入している
• マイナンバーカードを所持している
• 年間の医療費（家族合算）が10万円を超えている（所得200万円未満の方は所得金額の5%超）
• 確定申告で医療費控除を申請したい

連携の全体手順

Step 1：マイナポータルアプリの準備

スマートフォンにマイナポータルアプリ（デジタル庁公式）をインストールし、マイナンバーカードを読み取ってログインします。アプリ内で「医療費通知情報」を選択し、取得可能な期間のデータを確認します。

Step 2：e-Taxとのアカウント連携設定

マイナポータルアプリの「外部サービス連携」または「申請・届出・手続き」からe-Taxとの連携設定を行います。初回は利用者識別番号の取得または既存のe-TaxアカウントへのマイナポータルIDの紐付けが必要です。国税庁の確定申告書等作成コーナー（https://www.keisan.nta.go.jp/）にアクセスし、「マイナポータル連携を利用する」を選択してください。

Step 3：医療費通知情報の取得

確定申告書等作成コーナーの「医療費控除」入力画面で「マイナポータルと連携して医療費通知情報を取得する」を選択します。マイナポータルにリダイレクトされ、認証後に医療費データが申告書作成コーナーへ自動取り込みされます。データはXML形式で連携されるため、個別の金額を手入力する必要はありません。

Step 4：不足分の手動入力

自動取得されなかった医療費（自由診療・通院交通費・市販薬など）を「医療費の明細を入力する」から追加入力します。領収書をもとに医療機関名・診療年月・金額を入力してください。

必要なもの一覧

• マイナンバーカード（有効期限内であること）
• マイナンバーカードの署名用電子証明書のパスワード（英数字6〜16桁）
• マイナンバーカードの利用者証明用電子証明書のパスワード（数字4桁）
• スマートフォン（NFC対応機種）またはICカードリーダー
• PC（確定申告書等作成コーナー利用の場合）またはスマートフォンのみで完結する場合はマイナポータルアプリ

例外状況

自動取得できない医療費の種類

以下の費用は医療費通知情報に含まれないため、手動で追加入力が必要です。

• 自由診療（保険適用外の治療費）
• 差額ベッド代・入院時の食事代（一部）
• 通院のための公共交通機関の交通費
• 市販薬の購入費（セルフメディケーション税制を使う場合は別制度を選択）
• 介護サービスの費用（一部は医療費控除の対象だが別途申告）
• 不妊治療の一部費用（保険適用外部分）

保険者によってデータが提供されないケース

加入している健康保険組合が、マイナポータルへの医療費情報提供に対応していない場合はデータを取得できません。その場合は従来どおり「医療費のお知らせ」（保険者から送付される書類）を使って入力するか、医療機関の領収書を集計します。

データ取得可能な期間の注意

協会けんぽの場合、前々年の1月から前年の12月までのデータが順次登録されますが、診療月から登録されるまでに2〜3か月のタイムラグがあります。前年12月分のデータが翌年2〜3月の申告時点でまだ反映されていない場合があるため、医療費の明細画面で取得されている最終月を必ず確認してください。

費用・リスク・注意点

医療費控除の控除額の計算

医療費控除額は「支払った医療費合計－保険金等で補填された金額－10万円」で算出されます。控除額の上限は200万円です。所得200万円未満の方は10万円の代わりに「総所得金額等の5%」が差し引かれます。

節税効果の目安

医療費控除は所得税・住民税の課税所得から控除されます。例として、課税所得が300万円台（所得税率20%）の方が医療費控除を30万円適用できた場合、節税額は所得税約4万円＋住民税約3万円＝合計約7万円程度になります（実際の額は源泉徴収・扶養状況等によります）。

パスワードを忘れた場合の手続き

署名用電子証明書のパスワード（英数字6〜16桁）は5回連続で誤入力するとロックされます。ロック解除は市区町村の窓口で本人が手続きを行う必要があり、解除には最短でも数日かかります。パスワードは事前に手元に控えておいてください。

マイナンバーカードの有効期限

マイナンバーカードに搭載されている電子証明書は発行から5年ごとに更新が必要です（18歳未満は3年）。有効期限が切れているとマイナポータルへのログインができないため、確定申告シーズン前に有効期限を確認し、必要であれば市区町村窓口で更新手続きを行ってください。

よくある質問

Q. 医療費控除はいくらから申告する意味がありますか？

年間の医療費（家族合算）が10万円を超えた分から控除を受けられます。超過額が少額でも申告する価値はありますが、課税所得が低い方ほど節税効果は小さくなります。住民税率は一律10%のため、所得税と合わせると医療費が10万円超であれば多くの方に申告のメリットがあります。

Q. 家族全員の医療費をまとめて一人の申告に含めることはできますか？

生計を一にする家族（配偶者・子・親など）の医療費は合算して一人の確定申告に含めることができます。一般的に所得が高い方の申告に含めると節税効果が大きくなります。ただし、マイナポータルから取得できるのは申告者本人の医療費通知情報のみのため、家族分は手動入力か、それぞれの医療費のお知らせを参照してください。

Q. マイナポータル連携でデータ取得後、修正はできますか？

取得したデータは確定申告書等作成コーナー上で修正・削除できます。誤って取り込まれた情報がある場合や金額が異なる場合は、入力画面上で直接修正してください。

Q. 確定申告の提出期限はいつですか？

通常の確定申告の提出期限は毎年3月15日です。医療費控除は還付申告に該当する場合は5年間遡って申告できるため、期限を過ぎていても遡及申告が可能です。ただし申告年度ごとにe-Taxで個別に申告書を作成・送信する必要があります。

Q. e-Taxで申告すると還付金の受け取りは早くなりますか？

e-Taxで申告した場合、還付金の振り込みは申告から3〜5週間程度が目安です。郵送申告と比べて1〜2週間程度早くなることがあります。振込先口座は申告書内で指定します。

参考資料

• デジタル庁「マイナポータル」— マイナポータルの機能説明・医療費通知情報の取得方法
• 国税庁「確定申告書等作成コーナー」— マイナポータル連携を含む申告書作成の操作ガイド
• 国税庁「医療費控除」（タックスアンサーNo.1120）— 控除対象となる医療費の範囲・計算方法の公式解説